2/ 実習環境の構築

Quartoを使った研究成果と分析プロセスの共有

宋財泫（関西大学）

1 実習環境の概要

実習環境

以下のソフトウェア、ライブラリをなるべく最新版で用意

  • R
  • RStudio
  • Quarto CLI
  • {quarto}パッケージ
  • （PDF出力をする場合）TeX環境（TeX Live、MacTeX、TinyTeXなど）

ローカル環境とクラウド環境

  • ローカル環境
    • 自分のPCにR/RStudio/Quarto CLI/TeX等をすべてインストール
    • 導入コスト（時間）はかかるが、クラウド環境より快適1
    • 既存のRユーザーならこちらを推奨
  • クラウド環境
    • R/RStudio/Quarto CLI/TeX一式が完備された環境（ネット接続必須）
    • 導入コストは非常に低いが、動作が重い
    • とりあえずQuartoと味わってみたいのであれば、これも\(\bigcirc\)

2 ローカル環境の場合

RとRStudio

省略

Quarto CLI

Quarto公式ホームページ（https://quarto.org/）から入手&インストール

  • 「Get Started」メニュー、または以下のページから入手
  • macOSの場合、homebrewからインストールも可
    • ターミナルでbrew install --cask quarto

{quarto}パッケージ

Rコンソールで以下のコマンドで{quarto}パッケージをインストール

install.packages("quarto")
  • インストールのみで十分（読み込みは不要）

TeX環境

作成した文書、スライドをPDFフォーマットで出力したい場合

  • すでに自分のPCにTeX環境が用意されている場合 \(\Rightarrow\) 別途の設定は不要
    • 例）TeX Live（Windows/Unix/Linux）、MacTeX（macOS）
  • TeXを使ったことがない or クラウド版（Overleafなど）のみ使用している場合
    • {tinytex}のインストールがおすすめ
# {tinytexパッケージのインストール}
install.packages("tinytex")
# tinytexのインストール
tinytex::install_tinytex()
# 今は（多分）不要だが、念のために
tinytex::tlmgr_install("haranoaji")

3 クラウド環境の場合

クラウド環境の種類

posit Cloud

RStudioの開発元であるposit社が提供するクラウド版R & RStudio

  • 無料版の制約（詳細はhttps://posit.cloud/plans）
    • 月間利用時間の上限あり（25時間）
    • スペックの制限（1GB RAM / 1CPU）
  • 導入手順
    1. posit Cloud（https://posit.cloud/）のアカウント登録&ログイン
    2. 右のNew ProjectでNew RStudio Project
    3. 画面上段の「Untitled Project」をクリックし、プロジェクト名を指定
    4. {quarto}、{magick}、{ragg}、{tidyverse}等のパッケージをインストールする

mybinder.org

ウェブでRStudioが使えるサービス（事前登録不要）

  • アカウントの概念が存在しないため、アクセスする度にすべて初期化される。
    • 再現/再生用データ&コードの共有に適したサービス
    • とりあえず手軽にQuartoを味わっていみないのであればオススメ
  • 次頁で紹介するJDCat分析ツールより劣るが、安定性は
  • 起動方法

JDCat分析ツール

  • mybinder.orgと同じサービスだが、継続的に使用可能なサービス
    • クラウド版を使うなら一番おすすめ（スペック的に）
  • 導入手順（サーバーの立ち上げ）
    1. Orthrosのホームーページでアカウント登録
    2. https://binder.cs.rcos.nii.ac.jp/v2/gh/JaehyunSong/quarto_binder/HEAD
    3. 所属機関を「Orthros」とし、ログインする。
    4. 数分待てばOK
  • 立ち上げたサーバーの起動（再利用）
    1. https://jupyter.cs.rcos.nii.ac.jp/
    2. 所属機関を「Orthros」とし、ログインする。
    3. 表示されているURLをクリックする
      • URLが表示されていない場合、右の「Start」をクリック

4 プロジェクトの作成

プロジェクトの作成

実習用のプロジェクトを作成する

  • プロジェクトの種類はNew ProjectかQuarto Project
  • プロジェクトを作る理由、方法は省略（本講義の前提知識）
  • posit Cloudはそもそもプロジェクト単位で分析環境が管理されているため、不要（というか自然にプロジェクトが作成される）

サンプルファイルの入手

大したものは入っておりませんが…


ローカル環境の場合

クラウド環境（posit cloud）の場合

  • プロジェクトを開いた状態で以下のコードを実行
download.file("https://www.jaysong.net/intro-to-quarto/data/intro-to-quarto.zip", "temp.zip")
unzip("temp.zip")
file.remove("temp.zip")

クラウド環境（その他）の場合

  • 特になし（レポジトリにサンプルファイル格納済み）