# 以下はRコードは評価される
sum(1:100)[1] 5050
Quartoを使った研究成果と分析プロセスの共有




QuartoのMarkdown記法は以下の記法をほとんど内包し、+ \(\alpha\)の機能も多い。
*、太字は**、取り消しは~~で囲む1。#の数が多いほど文字が小さくなる)
#は6つまで##にするなら節は###、小節(または項)は####、…[リンク文](URL):[]で囲まれた文章をクリックすると()内で指定したURLへ移動
{target="_blank"}を付けると新しいタブで開くようになる(Quarto仕様)1。Input:
Output:
^[脚注の内容][^識別子]で脚注の位置だけ指定し、別の箇所に[^識別子]: 脚注の内容出力に影響されないコメントを入れる場合
<!--と-->内に囲む
<!--と-->の間の文章は出力されない- + 半角スペース + 内容
-の代わりに*も可1. + 半角スペース + 内容
1.の代わりに2.を使うと2からスタート1.、2.、3.、…の書き方も可(非推奨)- + 半角スペース + [x] + 半角スペース + テキスト:checked item
xを半角スペースにするとunchecked item|で表記-を1つ以上入れる
:-は左揃え、-:は右揃え、:-:は中央揃え(-のみは左揃え)Input:
Output:
| ID | Name | Height | Favorite |
|---|---|---|---|
| 1 | SONG | 176 | Ramen |
| 2 | Yanai | 230 | Cat food |

Input:
Output:

{fig-align=位置}を追加(Quarto限定)
"left"(左)、"center"(中央)、"right"(右){width=図の幅}を追加(Quarto限定)
300px(300ピクセル; pxは省略可)、1in(1インチ)、25%(画面の25%)文中数式は$数式$、独立した行の数式は$$で囲む。
Input:
Output: \[ F(x; \mu, b) = \begin{cases} 0.5 \exp(\frac{x - \mu}{b}) & \text{if} \quad x < \mu \\ 1 - 0.5 \exp(- \frac{x - \mu}{b}) & \text{if} \quad x \geq \mu \end{cases} \]
::: {layout-*=}と:::の間に図表を入れる(layout-ncol、またはlayout-nrow)
Input:
Output:




チャンク(chunk)内で記述されたRコードは評価(evaluation)される。
```{r}で始まり、```で終わる1。インラインコード(inline code):チャンク外(=文章内)に挿入するRコード
`rと`の間にコードを記述(rを省略するとコードのみ出力)
チャンクの最上段で指定(コードより後ろのオプションは無視される)
#| + 半角スペース + オプション名: + 半角スペース + 値TRUE/FALSEでなく、true/falselabel、cahce、dependsonecho、eval、include、collapseerror、message、warningfig-width、fig-height、out-width、out-height、fig-dpi、devなど#| label: ラベル名
fig-(tab-)を付ける。#| cache: true:処理結果を最初のレンダー時に別途保存し、チャンク内コードに変更がない限り、その結果を参照dependsonオプションを追加true
#| echo: false:コードを出力しない(評価はする)#| eval: false:評価しない(コードは出力する){r}の代わりに{.r}かrを使用
markdown、yaml、cssなどのチャンクにも使用可#| include: false:コード、評価結果いずれも出力しない
echo: false&eval: falseはコードを評価しないコードと評価結果を同一ブロックにまとめる(既定値はfalse)
warning)、通常のメッセージ(message)のON/OFF
trueread_csv()によるファイルの読込時に表示されるメッセージが鬱陶しいなら#| message:falseerror:エラーメッセージの出力
false)のままだと、レンダーが中止される#| error: trueの場合、レンダーは中止されず最後のチャンクまで評価される。エラーメッセージは出力物に出力される。fig-widthとfig-height
out-widthとout-height
3in)、センチ(8cm)、px(500px)、割合(75%)fig-dpi
dev
dev: ragg_pngにしておけば、とりあえず文字化けの心配はない({ragg}が必要)fig-cap(図)とtbl-cap(表):ラベルと組み合わせると「図1. …」
fig-(tbl-)で始める#| layout-ncol: 2にするとチャンク内の図は2列構成で配置される
#| layoutでカスタムレイアウト #| fig-cap:(tbl-cap)後に改行し、#| + 半角スペース3個 + - キャプション
fig-two-plots-1(左)とfig-two-plots-2(右)tbl-cap(共通キャプション)とtbl-subcap(サブキャプション)を指定
Input:
Output:
| Sepal.Length | Sepal.Width |
|---|---|
| 5.1 | 3.5 |
| 4.9 | 3.0 |
| 4.7 | 3.2 |
| 4.6 | 3.1 |
| 5.0 | 3.6 |
| Sepal.Length | Sepal.Width |
|---|---|
| 7.0 | 3.2 |
| 6.4 | 3.2 |
| 6.9 | 3.1 |
| 5.5 | 2.3 |
| 6.5 | 2.8 |
| Sepal.Length | Sepal.Width |
|---|---|
| 6.3 | 3.3 |
| 5.8 | 2.7 |
| 7.1 | 3.0 |
| 6.3 | 2.9 |
| 6.5 | 3.0 |
YAMLヘッダー内で指定したチャンクオプションはすべてのチャンクに適用される
knitr > opts_chunk内に指定fig-widthとfig.width、fig-dpiとdpiなどdpi: 300、dev: ragg_pngオプションを付けたい場合Quartoの公式ホームページかknitrエンジンのマニュアルを参照
3/ Markdown文法の基礎